满清入关以前，这个家族大多是以“丘”（古时的“丘”与“邱”通用）为姓的，一直到清雍正皇帝时，才由于避讳孔子的名号，而下令把“丘”一律改为“邱”姓。

　　西汉武帝刘彻纳董仲舒“诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”对策，废黜百家，独尊儒术，避孔丘讳，令丘加“邑”（“阝”）部改为邱。金明昌三年（1192）金修曲阜孔庙，命臣庶回避孔丘之名，其域内丘姓改邱姓。但影响最大，范围最广泛的一次丘改邱姓，是清雍正三年（1725）因尊孔避讳孔丘之名，雍正帝诏令丘加邑（“阝”）为邱。天下丘姓多改姓邱，邱姓始成一大姓氏。

　　1912年，民国参议院议员丘逢甲、丘复等，以姜太公子孙得姓于姜太公封国之国都营丘，早于孔丘，无先人避讳后人之理为由，在粤闽两地登报呼吁族人恢复祖先肇姓之丘。因此，闽粤台部分族人闻之响应。但国之多数族人因不知情，或因涉及法律户籍等诸多问题，仍然使用邱姓。故今丘、邱通用。台湾省丘姓，在日本侵占台湾时曾被迫改姓冈本、冈林、冈田等日本姓，1945年光复后，奉令复为丘姓。1955年《第一批异体字整理表》将“邱”作为“丘”之异体字予以淘汰。1988年《现代汉语通用字表》乃确认“邱”作为姓氏使用时为规范字。