源于姬姓

周文王后代鲁国侯伯禽裔孙的封地秦邑，属于以居邑名为氏。周武王时，其弟周公旦被封鲁(今山东曲阜)称鲁公。鲁公后因辅佐周王留在了周都，儿子伯禽接封鲁国，其裔孙中有一支食邑于秦。

源于外夷

晋武帝时大秦国再次遣使者来中国通好。在以后的诸代，中国与大秦国的交往更加密切，如唐朝的大秦景教流行中国碑的发现，大秦人或出使、或经商来到中国后，多因中国物饶民丰、山川秀美、文化高度发达而愿居留，不愿再回去。这些人依从汉人的风俗习惯，便以“秦”为姓。

源于蒙古族，属于汉化改姓为氏

蒙古族墨尔秦氏，亦称墨勒齐氏，世居台罕(今内蒙古科尔沁罕乌拉高格斯台自然保护区)。后有满族引为姓氏者，满语为Morcin Hala。蒙古族、满族墨尔秦氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、莫氏、齐氏等。