西汉时期,孔子九代孙孔腾回到家乡曲阜,正是汉高祖登基未久。汉高祖接受文臣建议,封孔腾为奉祀君,奉祀孔子。到汉元帝绥和元年(前43年),孔子十三代孙孔霸被封为褒成君。此后直至唐玄宗开元年间,孔氏裔孙多数得以袭封侯的爵位,就连庶裔中学有成就的也较易于得 到朝廷的重用。
这样,孔氏便逐渐发展成为一个显赫的家族。随着生存条件的大大改善,家族支派也得到更多的繁衍生息的机会。此间一个较明显的现象就是,越来越多的族裔由山东迁到河南及其他许多省份,迁移的主要原因是出任官职,其次是躲避较剧烈的社会动荡等。
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东汉时期外迁的孔氏族人中,最有影响的当属会稽这一支。孔子二十一代孙孔郁,出任冀州刺史。其子孔扬受封下博亭侯,孔扬的后代从此主要世居下博(今河北深县东南)。孔郁的另一子孔潜先是任太子少傅一职,后因避乱而迁居会稽山阴(今浙江绍兴),不久发展为当地的望族,成为孔氏宗族中有名的“会稽孔”。
在孔潜的后人中,其子孔竺在三国时任豫章太守(治所在今江西南昌),其孙孔恬为湘东太守,曾孙孔愉在西晋时任左仆射。孔愉之子孔汪任广州刺史,甚有政绩,终于任上,他的后人则大多留居当地。 在唐代,有影响的孔氏郡望大致有:会稽山阴(今浙江绍兴)、鲁国(今山东曲阜)、下博(今河北深县东南)、常山(郡治在今河北正定)、南阳(在今河南西南一带)。
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唐代中期以后,三十五代裔孙孔(王遂)之于唐玄宗开元五年(714年)袭封褒圣侯,又晋为文宣公。天宝之乱时,他率家人寄居于宁陵,卒后即葬在那里。
动乱之后,他的曾孙孔惟睡返归曲阜,袭封文宣公,宁陵的宗族墓地则由孔惟b至之弟孔惟时一支驻守。和他们同寓于宁陵的还有三十三代褒圣侯孔德伦的次子孔叹之子孔贤。这两支形成了孔氏家族中的宁陵派。
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北宋靖康元年(1126年),北方的金兵举兵南犯,从宋都汴京掳走徽、钦二帝,北宋宣告灭亡。徽宗第九子、康王赵构仓皇南下,在当时的南京(今河南商丘)即皇帝位,为宋高宗,年号建炎。
建炎二年(1128年)秋,金兵继续南下,高宗君臣移驻扬州,于十一月举行郊祀,召衍圣公参加祀典。此时曲阜的衍圣公是四十八代孔端友,他与从父孔传(原名孔若吉)奉诏赴扬州。
一年后,金兵气势弥盛,高宗君臣渡江南逃至临安(今属浙江杭州),孔端友、孔传及部分孔子后裔,带着代代相传的子贡手摹孔子及亓官夫人楷木雕像随驾南渡。到杭州后,孔端友上书高宗,痛诉离祖别家之苦,请求赐予安居