吴荫培天禀敏慧，读书过目成诵。18岁补博士弟子员，20岁中举于乡试，声名远扬。与乡里名士砥砺学问，弟子受业者其众。

　　吴荫培考中探花后，出任顺天府乡试同考官。光绪十九年，再次出任顺天府乡试同考官。光绪二十一年，吴荫培任会试同考官。光绪二十八年，吴荫培以编修出任福建乡试副考官。光绪二十九年，就沪宁铁路借款，建国内大学堂，截留出洋初级生。他尽力上疏陈其弊病。光绪三十年，出任会试同考官。光绪三十一年，自费赴日考察。回国后，创办女子师范幼稚园、水利农林讲习所。由两江总督端方转奏，清廷采纳，次第施行。而后，曾经外任贵州，作镇远府知府官。后历任廉州府、潮州府等。辛亥革命后，吴荫培回乡，看到大量流亡者，他募集款项，设织布厂安置。他任男普济堂董事十年。民国初年，吴地盗墓成风。他捐资创办"吴中保墓会"，保护了众多名人古墓。民国五年，设修志局于沧浪亭，他与曹允源、蒋炳章一道出任《吴县志》总纂。他为人做事，邑人称道。民国十九年(1930)腊月十九日卒。葬于枫桥白马涧祖茔。