程颐的九世孙程德用从池州归业洛阳，守先祖坟茔。他的子孙后来分迁河南东部的太康、夏邑和山东的荷泽、单县等地。元末，英山（今属湖北省）人程希哲为躲避战乱，迁居孝感（今属湖北省），成为“义门”。

元朝末年，程姓南迁于福建，广东等地。程文智因官入闽，为开闽始祖。其弟程文惠居漳浦。程文惠之后程渠爵自漳浦梁山迁居诏安后门山，是为诏安始祖。之后再迁入广东等地。

明清时期程姓迅速繁衍，人口大增，继续迁徙，分布于包括台湾在内的各省，在许多少数民族中也有程姓人群存在。而在河南、陕西、甘肃、山西、山东、安徽、江苏、四川、河北、江西、福建、广东、湖北等地居住更为密集，形成了许多门派。由于程朱理学在思想学术领域的一尊地位，河南和徽州等地的程姓也享有许多殊荣。

明清时期，朝廷和地方政府曾经进行过一些有组织的迁民，将人口密集地区的部分百姓迁徒到由于战乱或灾荒而人口稀少的地区，以利于发展生产，增加税收，并保障人民生活。例如山西向河南等地的移民，“湖广填四川”。部分程姓士人也被迁徙到其他地区建设家园。此外，还有一些程姓家族，因为各种原因， 自愿或被迫离；开家乡，到异地谋生。例如休宁(今属安徽)人程信在明初谪戍河间（今属河北省），就在那里安家落户。这种迁徙的结果，形成了许多新的门派，使程姓人群的分布更为广泛。