魏晋至隋唐的七百余年间，北方少数民族不断入侵中原，致使北方战争频繁，南方则相对安定。因而北方士民大量南迁，吴氏宗族也在南迁之列。据唐林宝撰写的《元和姓纂》记载，这期间的吴氏大族主要分布在吴郡、武昌、濮阳、渤海、陈留等地，并呈南兴北衰之势。

　　自吴允承回迁吴郡奉祀先祖吴太伯三代之后，历史进入了三国时期，吴氏家族成为割据江东的孙吴政治的国戚，孙策、孙权兄弟的母亲吴国太便出自吴郡吴氏。

　　吴元三次子吴彪一支也迁回江苏无锡——古吴国旧地，主持吴姓始祖吴太伯庙祀，成为无锡吴氏主宗。无锡吴氏后来又分衍出六合、高邮、晋陵、邗里、新塘等众多的吴姓分支。