现在我们能看到的衢州孔庙实建于明正德十五年(1520年)，占地约20亩，分孔庙、孔府两个部分，坐北朝南，平面呈纵长形，建筑分三条曲线布局：东轴线上有孔塾，进为崇圣门、崇圣祠（祀孔子五代先祖），更进为圣泽楼（又称御书楼）；中轴线上有孔庙大门，进为大成门，门内为甬道，更进为大成殿，左右为东庑和西庑；西轴线上有五支祠（祀孔氏五支祖先），进为袭封祠（祀孔氏南宗历代翰林院五经博士），更进为六代公爵祠祀南渡后六代衍圣公），祠后为思鲁阁（系衢州家庙的特色，阁上供孔子和亓官夫人楷木像，阁下立唐吴道子画“先圣遗像”碑）。

大成殿 建筑雄伟壮观，重檐歇山式结构，双重飞檐中立有一块竖匾，上书"大成殿"三字、以及“生民来有”匾额，为清朝雍正皇帝御书的仿制品。殿内正中是孔子座像，两旁侍立着其子伯鱼及孙子思像。横梁上悬有十余块历代帝皇御书匾额。殿前通道的东西两侧各有九间房子，叫"两庑"，挂供奉先贤的地方。东庑有中兴祖玉像，西庑有孔端友像。