祝姓发源于今山东长清。西周、东周两朝祝姓除繁衍于其发源地外，因仕宦等原因，逐渐进入今陕西、河南等省。周朝时期有大夫祝跪，因叛乱未果而逃奔温邑(今河南温县)。

春秋时期，郑国有大臣祝聃、祝款，卫国有大臣祝佗，表明郑国(今河南新郑)、卫国(今河北南部至河南北部一带)两地已有祝姓人。

西汉时期有齐人(今山东)祝午，汉中南郑人(今陕西南郑)人祝龟，九江人(今江西九江)祝生，表明此际已有祝姓人徙居江南。东汉时期祝姓名人有尚书令祝讽，侍御史祝王晋，九真太守、长沙临湘人祝良，光禄大夫、中山卢奴人(今河北定州)祝恬。这些史实说明，此际之祝姓已成为北方名门著姓之一，并且已有祝姓落籍湖南。
魏、晋、南北朝时期，河南、太原两地之祝姓繁衍昌盛，人丁兴旺。故后世祝姓有以河南、太原为其郡望堂号的。此际的社会动荡，亦造成大量祝姓徙奔今安徽、江苏、浙江、江西等地。此际出了位妇孺皆知的祝英台，她是今浙江上虞人。

唐朝中叶以后，特别是安史之乱和黄巢起义之后，造成今中原一带十室九空，祝姓由河南避居湖北，或由陕西越秦岭进入四川。在此际，雍州始平人(今陕西兴平)祝钦明入朝为相，是祝姓历史上唯一一位宰相。

两宋时期，祝姓在北方趋于沉寂，而南方之祝姓却日炽日昌起来。其中祝谘丘由单州城武(今山东成武)徙居滑州韦城(今河南长垣)，祝穆由歙州(今安徽歙县)徙居建宁崇安(今福建泉州)，祝象器由江陵(今湖北江陵)迁居歙州。此际之祝姓除已落籍福建外，已有定居今广东者。

明朝初期，山西祝姓作为明朝洪洞大槐树迁民姓氏之一，被分迁于今山东、陕西、湖北、湖南等地。明朝中叶以后，有沿海之祝姓赴台谋生。

清朝初期，两湖之祝姓伴随湖广填四川的风潮入迁四川。

如今，祝姓在全国分布较广，尤以安徽、四川等省多此姓，两省之祝姓约占全国汉族祝姓人口的43％。

祝姓是当今中国姓氏排行第一百四十一位的姓氏，人口约一百三十九万两千余，占全国人口的0.087％。