1894年甲午战争爆发，清廷命鹿兼摄西安将军。光绪二十一年(1895)调任四川总督，整顿吏制、创建文学馆和算学馆。因为得罪恭亲王奕被罢职。二十四年(1898)戊戌政变后由荣禄推荐任广东巡抚，次年调任江苏巡抚，兼署两江总督。二十六年(1900)，八国联军攻占北京，鹿曾募兵三营赴山西随护慈禧、光绪帝到西安，被授两广总督，旋升军机大臣。 二十七年(1901)回京后兼督办政务大臣。宣统嗣立，鹿与摄政醇亲王同受遗诏，加太子少保，晋太子太保， 历任体仁阁、 东阁大学士， 兼经筵讲官、 德宗实录总纂。宣统二年(1910) 病发，曾四上奏折辞官，均被“温谕慰留”。七月二十二日(8月26日)逝世，赠太保，谥文端。著有《筹瞻疏稿》等。