穿过享堂进入宗祠后院，正面为大殿，门匾额为“德垂奕禩”四 个楷书大字，意为高尚的品德流传光大。楹联上联为“彝训昭七支教南北族以孝悌慈两地箕裘百代；”下联为“明裎合九世序东西阶三爵贤齿一堂俎豆焕千秋。”大殿正中神龛供奉孙氏始祖、姜老太君及一至五世列祖列宗神位，两侧依次排列各支祖神位。龛上方高悬“先祖是皇”匾额，楹联上联为“由永乐迄今五百年故宅犹存，当仰恩显祖显考所垂矩矱”；下联为“自平阳迁峄十七世新祠始建，愿此后群昭群穆勿替蒸尝”。

　　孙氏宗祠内共有四株枝繁叶茂的银杏树，均为国家二级古树，为明弘治元年（1488年）建设祭祀草堂时所植，树龄距今已有500余年。宗祠后院两侧建有东、西配房，东配房为“英烈堂”，记载着为国牺牲的孙氏族人的生平事迹。西配房为“文史堂”，记载着牛山孙氏历史渊源及相关史料。