源流一

据《通志氏族略》等所载，少昊是远古时羲和部落的后裔，古代东夷族的首领，号金天氏。少昊之子殷为工正，古籍又作“弓正”，主制弓矢，封于尹城，世称“尹殷”。另传说少昊为黄帝25子之一，尹殷为其孙，殷的后代多用封邑名“尹”作为姓氏。

源流二

据《通俗演义》等所载，出自西周太师兮甲。兮甲，字伯吉甫，世称“尹吉甫”，是周宣王执政时期的大臣。在周厉王时期，由于其残暴的统治激起起了国人起义，周厉王被驱逐流放于彘地，周厉王病逝后众大臣拥立太子姬静，是为周宣王。周宣王即位后，任用贤臣召穆公、周定公、兮甲等为辅佐，整顿朝政，使日益衰弱的周室重新复兴。兮甲的主要功业是讨伐侵扰周王朝的少数民族，北拒猃狁，南征淮夷，由于兮甲的赫赫战功，深受周宣王赏识，封其官名为“尹”，后来，周宣王又把钜邑（今河北南安）赐给尹吉甫作为封地，兮甲位居师尹，其后人述其官职，庶长子伯奇以“吉”为氏，嫡子伯封以“尹”为氏，这也是流传广泛的重要源流。《元和姓纂》尹氏辑录：“尹格之后，又有古尹姓之戎，……作允姓之戎”。古代“允”和“尹”同音，故这是由允姓通假改写而来。古尹（允）姓的发源地为兖，即山东兖州，《史记 夏本纪》作沇州，九州之一，尹城所处地理位置应与上古兖州相关。历史文献《国语 楚语》和《左传》记载，允格是少昊裔孙，他的父亲叫昧，为玄冥师，兄弟是台骀，被尊为汾河之神，允格、台骀俱臣高阳。少昊氏晚期，九黎乱德，民神杂糅，不可方物，原少昊部落成员追随颛顼帝内迁至河南、山西，商代以后有允姓后裔迁居甘肃兰州、永登一带的允吾、允街，以及青海的允川、大允谷，成为当地戎族，《左氏春秋》云：“允姓之戎，居于瓜州”，战国时期这一地区被秦国吞并。

源流三

出自芈姓。芈姓源于南方楚国，为“荆楚十八姓 ”之祖，后有部分衍化为尹氏。

源流四

出自少数民族汉化改姓。据史籍《清朝通志·氏族略》记载，蒙古族博尔济吉特氏、叶古禄特氏、音斋氏有汉化尹姓；满族、锡伯族章佳氏有汉化为尹氏者；今白族、苗族、壮族、朝鲜族等均有尹姓分布。