明清时期，吴姓的分布更为广泛，自上古保持世系传承不乱，代有显贵的世家大族几乎绝迹。这时期吴姓望族大都由唐宋时期的单家发展而来，并从地区分布上呈同姓异宗交叉分布，吴姓的迁徙多是由于战乱、灾荒、析居、任官、政府组织移民等诸多原因引起的。例如，明清时期的江西南昌吴氏虽号称诸樊、夫差后裔，但其先祖却是来自安徽歙县的流民，定居南昌后，繁衍成当地大族。

　　江西德兴建节的吴氏则是唐末为避黄巢兵乱而迁来的。江西戈阳吴氏在五代战乱时，从金陵(今南京)迁来的。湖南益吴氏主要有三支，九都冲吴氏其先祖吴世春、吴永鉴叔侄二人自江西清江来湖南益阳经商，从而定居益阳，后裔繁衍成益阳九都冲吴氏。泉峰吴氏，其先祖在元初游学湖南，而定居益阳，后世繁衍成益阳泉峰吴氏。夹流溪吴氏则是明初从江苏、江阴县迁居湖南益阳夹流溪，据其家谱记载，到清乾隆时，这支吴氏已传了13代。

　　在近现代中国历史舞台上最显赫的吴姓人物当属吴佩孚。吴佩孚属登州吴氏。据说吴佩孚曾考证他是延陵吴季扎的裔孙，吴姓开氏始祖吴太伯的第12l代嫡孙。

　　据《吴氏家谱》记载，登州吴氏来源于泰州吴氏，而泰州吴氏又源于浙江吴田吴氏。吴田吴氏是明代浙江山阴吴氏吴溶、吴渊、吴溥的后裔。据《山阴州山吴氏族谱》记载，这支吴氏的家谱因上世家中失火被烧掉，因而吴田吴氏可确认的始祖为吴回。在历史上，吴田吴氏迁居泰州(今江苏泰州有两支，一支是吴田吴氏第十四世裔孙吴潮先迁泰州而成泰州吴氏始祖，另一支是吴田吴氏五世裔孙吴承护下传12代裔孙吴万四，也自吴田迁至泰州东的安丰。随着泰州吴氏人丁的增多，又有吴潮裔孙吴僧儿吴佩十七世祖自泰州北迁山东蓬莱(古属登州)，其后裔形成登州吴氏。登州吴氏虽然家族不甚显贵，但人丁倒还兴旺。登州吴氏自吴僧儿下传十六世孙吴可诚时，这支吴氏已没落无闻。